1.瞼內翻及倒睫：在沙眼的後期， 病變可侵及瞼板， 因瘢痕組織收縮而變短， 加之瞼結膜， 特別是瞼板上溝部位因瘢痕而收縮， 遂使瞼板向內彎曲如舟狀， 形成典型的瞼內翻倒睫。 倒睫亦可單獨發生， 乃由於毛囊附近受病變侵犯後產生的瘢痕所致。 倒睫的長期刺激， 可使角膜淺層呈現彌漫性點狀浸潤， 繼而上皮剝脫， 形成潰瘍， 稱沙眼性角膜炎或沙眼性角膜潰瘍， 此時病人異物感、怕光、流淚、疼痛、及視力模糊等症狀。 應及時作內翻矯正及電解倒睫術， 以免造成嚴重的損傷。
2.沙眼性角膜潰瘍：在血管翳的末端有灰白色點狀浸潤，
3.上瞼下垂：由於上瞼結膜及瞼板組織增生肥厚， 使上瞼重量增加;同時病變侵及苗勒氏肌和提上瞼肌， 使提瞼功能減弱， 因而發生上瞼下垂， 治療仍以沙眼為主。
4.沙眼性眼乾燥症：由於結膜表面瘢痕化， 將結膜的付淚腺及杯狀細胞完全破壞， 淚腺排泄管在上穹窿部的開口也被封閉， 粘液和淚液完全消失， 結膜及角膜變乾燥， 嚴重時結膜角膜呈彌漫性實質性混濁， 上皮角化、肥厚， 形似皮膚、視力極度降低，
5.淚道阻塞及慢性淚囊炎， 沙眼衣原體侵犯粘膜， 可引起淚小管阻塞， 或鼻淚管阻塞， 進而形成慢性淚囊炎。
