手術治療巧克力囊腫是比較常見的一種方法， 主要是針對於比較大而且對患者已經造成壓迫或者影響到正常生活的囊腫， 特別是囊腫直徑達到或超過五釐米的患者， 一定要注意採取手術治療。
1、手術是一種治療巧克力囊腫的方法。 巧克力囊腫比較大、對患者造成壓迫或者影響患者正常生活的病人， 應該考慮手術。 專家介紹， 女性較小的巧克力囊腫， 通常不易發生破裂的情況。 當女性患者的囊腫增大到3釐米以上的時候， 自發破裂的風險就會開始出現， 並逐漸的增加， 當囊腫長到一定大小的時候，
2、 手術方式有微創腹腔鏡手術和開腹手術。 對於45歲以上的病人， 巧克力囊腫比較大且還在繼續長大， 或是診斷不太明確、懷疑可能是其他性質腫瘤的， 應開腹手術， 但是儘量不要切除子宮和卵巢， 因為那是女性不能少的內分泌器官。 同樣對於那些無生育要求的婦女， 符合手術指征可以採取手術治療。
3、採用腹腔鏡手術切除病變的卵巢也可以達到減輕症狀的目的。 但手術後卻並非萬事大吉， 因為手術後， 人體會恢復排卵， 發揮內分泌功能， 殘存的內膜又會開始生長，
