腎臟癌腫：呈占位性病變， 但易發於深部， 從而引起更明顯的腎盞彎曲。 血尿常見， 而囊腫則不見。 當腎實質腫瘤壓在腰大肌上面， 在腹平片上就看不到肌肉的邊緣， 而囊腫則依舊可見。 出現轉移的證據、紅細胞增多症、高鈣血症及血沉加快都提示為癌腫。 需記住的是， 囊腫壁也會發生癌性變。 若腎靜脈被癌腫堵塞， 排泄性尿路造影就不清楚甚或不顯影。 超聲影像及CT總是最後用來做鑒別診斷。 血管造影及腎斷層X光攝影術可顯示在含豐富血管的腫瘤中， 有一造影劑密集的“池塘”， 而囊腫密度則不受影響。
多囊腎：正如尿路造影所示， 本病幾乎總是雙側性的， 彌漫的腎盞及腎盂發生扭曲已成其規律。 單純性腎囊腫則多為孤立性單發性。 多囊腎往往伴有腎功能損害及高血壓， 而腎囊腫則沒有。
腎癰：本病罕見。 採集病史時， 可發現在突起發熱及局部疼痛前數周有過皮膚感染史。 尿路造影顯示其病變與囊腫及腫瘤相似， 但由於腎周圍炎影響， 使腎輪廓及腰大肌影模糊不清。 此時， 腎臟多較固定。 將患者在仰臥及直立時腎臟位置加以比較即可證實。 血管造影可顯示一無血管的病損。 鎵-67掃描可顯示病損的炎症性質， 但感染的單純性腎囊腫也可有相似的表現。
腎積水：症狀和體征可與單純性腎囊腫的表現完全一致， 但尿路造影則截然不同。 囊腫引起腎臟變形， 而腎積水則表現為由於梗阻所致的腎盞和腎盂的擴張。 急性或亞急性腎盂積水由於腎盂內壓的增高常產生更為局限的疼痛， 並因感染而易於使其表現複雜化。
腎外腫瘤：可使腎臟移位， 但很少侵及腎臟並使腎盞變形。
能包蟲病：其囊腫未與腎盂相通時， 難以和單純性腎囊腫鑒別， 因尿中尚不會有包蟲及其幼蟲。 在X線檢查中常發現腎包蟲病囊腫壁上有鈣化。 皮膚敏感試驗時診斷該病有所幫助。
【預後】
使用超聲影像及CT掃描使單純性腎囊腫診斷極為精確。 在每年複查腫腫， 觀察其大小、形態及內部質地的變化時，
腎囊腫包括單發性腎囊腫、先天性多囊腎和先天性多發性腎囊腫等。
患者平時沒有什麼症狀，
僅通過B超檢查發現腎臟上長一個或數個囊腫。
少數人也可以長多個囊腫，
但雙側同時存在囊腫者少見。
這種囊腫的壁很薄，
囊內為澄清帶黃色的液體，
囊腫大多為核桃大小。
腎囊腫發生原因還不十分清楚，
一般認為屬於腎臟退行性變，
因而發病者多為老年人。
小的囊腫不會引起任何症狀。
近來由於B超檢查的廣泛開展，
所以發現有腎囊腫者也增多了。
