患重度盆腔子宮內膜異位元症且有結構破壞時, 手術治療將最有效地提高妊娠率。 保守性手術包括開腹和腹腔鏡下電凝或鐳射治療等。 通過對病灶的破壞、粘連的分離, 游離輸卵管和卵巢, 恢復正常的盆腔結構, 可獲得50%左右的妊娠率。 近年來婦科醫生發現進展性子宮內膜異位症用腹腔鏡手術比經腹手術效果更佳, 手術後粘連復發少。 熟練醫師行腹腔鏡治療重度子宮內膜異位症, 妊娠率可高達68.6%。 且腹腔鏡手術創傷小、恢復快, 對於子宮內膜異位症這樣易於復發的疾病可重複進行治療, 因此越來越受到青睞。
對於輕度子宮內膜異位元症而無盆腔結構改變者, 可先採取期待療法, 一段時間後仍未妊娠或病情繼續加重可考慮藥物治療或腹腔鏡清除病灶, 以改善腹腔內環境, 儘早獲得妊娠。