移植治療是近年來一項先進的治療手段， 1982年美國首先成功將肺移植應用於特發性肺動脈高壓的治療中。 如今， 移植治療只針對於藥物或手術無效的肺動脈高壓患者中。 移植方法包括單肺移植、雙肺移植、活體肺葉移植和心肺聯合移植。
單肺移植：操作簡單， 時間短， 缺血時間和心肺體外迴圈時間短於雙肺和心肺移植， 但通氣血流不匹配和高度再灌注損傷發生率較高；
雙肺移植：移植後血流動力學較好， 少有通氣灌注不匹配， 且圍手術期併發症較少， 且比單肺移植術後患者生存時間長。 但由於缺血時間和心肺體外迴圈時間較長，
心肺移植：只有一個呼吸道的吻合， 基本上沒有血管併發症， 而且血流動力良好。 但供體器官短缺， 患者等待時間較長， 因此易對整體存活率造成不利影響。
雖然上述移植治療後， 患者血流動力學和功能恢復比較滿意， 並可以逆轉右心室功能損害， 且大多數存活者身體一般狀況良好， 日常生活可以完全自理。 但由於移植治療風險較大， 移植後患者自身的免疫系統會對移植的器官產生排斥反應， 因此進行移植的患者需長期服用免疫抑制劑。
此外， 迄今為止移植的遠期療效尚不太理想。 其1年存活率約70%， 2年存活率約62%， 平均存活時間4年。 且無論採用單肺移植還是雙肺移植，
