中藥大部分是天然藥物， 有效成分比較複雜， 如生物鹼、皂素、鞣酸質， 揮發油等。 既然是藥， 其多數則會有不同程度的副作用。 一般地講， 中藥的副作用比人工合成的西藥要小些， 但也有些藥物毒性較大， 如紅砒石、白砒石、水銀、斑蝥、青娘蟲、紅娘蟲， 生藤黃等。
毒性稍輕些的有：
白附子、生附子、生川烏、生草烏、生半夏、馬錢子、巴豆、生天南星、生甘遂、鬧羊花、天仙子、蟾酥、土木鱉、呂宋果、雲軸子、楓茄子、楓茄花， 生硫磺、巴豆霜、白降丹、罌粟殼等。 當使用這些藥物時， 必須慎重， 如楓前花浸酒， 口服可治療風濕性關節炎，
那麼， 平時在中藥方劑中常用半夏、天南星、附子、川烏、草烏等， 為什麼不發生中毒呢?一方面是由於對這些藥物進行了炮製， 如生半夏口服會引起嘔吐。 唇舌發麻
聲音嘶啞等副作用， 而生半夏用薑汁、明礬、鹽等炮製後， 其毒性大為降低。 另一方面， 還要掌握正確的使用方法， 如水銀用做主藥治療皮膚癌、宮頸癌時， 只能限於外用， 嚴禁內服， 不然會發生汞中毒。
有些中草藥雖然毒性輕微， 若使用劑量過大， 則會產生嚴重毒副作用。 如木通有通乳作用， 若用其大劑量(50克)與豬蹄同煮， 服後會發生腎功能損害。 又如白果， 因其含有微量氫氰酸， 在過量情況下，
當需要用一些有毒性的中草藥時， 首先應慎重， 要嚴密觀察， 並注意劑量是否恰當， 前者時間應稍長些。 其次可與一些藥物配伍， 以減少毒性。 如用於肝硬化腹水的十棗丸， 就是配伍大棗來緩和甘遂、大戟、芫花這些有強烈瀉下作用的中草藥， 起到減少毒性的作用。 對一些有毒性的中草藥， 常配伍甘草來緩和毒性。 現已證明， 甘草中所含甘草甜素在藥理上確有解毒作用， 證實了《本草綱目》上記載甘草“解百藥毒”的正確結論。
