板藍根的應用範圍很廣, 屬於每家必備的中醫沖劑。 板藍根為常用中藥, 性寒, 味苦。 具清熱解毒, 涼血利咽之功能, 用於溫毒發斑, 舌絳紫暗, 痄腮, 喉痹, 爛喉丹痧, 大頭瘟疫, 丹毒, 癰腫。 據資料顯示, 板藍根的副作用很小。 板藍根是涼血之物, 經期不宜食寒性食物, 不宜吃過多纖維食物。
1、抗菌抗病毒作用:菘藍根對多種細菌有作用。 水浸液對枯草桿菌、金黃色葡萄球菌, 八聯球菌、大腸桿菌、傷寒桿菌、副傷寒甲桿菌、痢疾(志賀氏、弗氏)桿菌、腸炎桿菌等都有抑制作用;丙酮浸出液也有類似作用, 且對溶血性鏈球菌有效(皆用瓊脂小孔平板法)。
2、抗鉤端螺旋體作用:1:100以上的板藍根或大青葉, 在試營內均有殺鈞端螺旋體的作用。

3、解毒作用:據報導, 犬用板藍根、黃連粉與藜蘆同服(各2.0g/kg), 能解藜蘆毒, 降低死亡率;若藜蘆中毒後再用之, 則無效;分別單用板藍根粉或黃連粉, 效果亦不好。
4、提高免疫功能:小鼠腹腔注射板藍根多糖50mg/kg, 可顯著促進小鼠免疫功能, 表現為:能顯著增加正常小鼠脾重。 白細胞總數及淋巴細胞數, 對氫化可的松所致免疫功能抑制小鼠脾指數、白細胞總數和淋巴細胞數的降低有明顯對抗作用;顯著增強二硝基氯苯所致正常及環磷醯胺所致免疫抑制小鼠的遲髮型過敏反應;增強正常小鼠外周血淋巴細胞ANAE陽性百分率,
5、抗腫瘤作用:對大鼠W256實體瘤和小鼠Lewis肺癌注射靛玉紅200mg/kg, 連續6-7天, 結果對大鼠W256實體瘤的抑制率分別為47-50%和50-58%, 皮下注射最減少到每日mg/kg以下時, 其抑制作用不明顯。 靛玉紅500mg/kg灌胃, 對大鼠W256實體瘤的抑制率為23-33%, 對小鼠肉瘤180的抑制率約30%。 靛玉紅能延長淋巴白血病L7212小鼠的生存時間20%左右。 此外, 經小鼠精原細胞法試驗證明, 靛玉紅不能特異性地抑制B型精原細胞和精子細胞。
6、對白血病作用:藥理研究初步表明, 靛玉紅有破壞白血病細胞的作用。