細菌侵入的感染灶並不明顯， 常不易找到， 有時因檢查不全面而被漏查， 特別被衣服遮蓋的部位如背部、骶尾部、四肢和腋下。 足月兒和晚期新生兒（生後2～4周）臨床症狀有發熱、拒食、神萎或煩躁不安， 早產兒和低出生體重兒症狀不典型。 表現為拒奶、溢奶、不哭、不動、面色蒼白、體重不增、體溫不穩、有時體溫不升。
除上列症狀外， 下列表現提示有敗血症可能。 黃疸加重或減退後又複現。 有時黃疸可能是本症的主要表現。 肝脾輕度或中度腫大， 無其他原因可解釋。 瘀點或瘀斑不能以新生兒紫癜或外傷解釋。
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