梨形鞭毛蟲病的治療主要採用藥物療法， 對急性期病員除給予有效的藥物治療外， 還應採用口服或靜脈補液， 以免造成體液過多丟失。 目前， 主要的梨形鞭毛蟲藥物有以下幾種。
治療梨形鞭毛蟲病的藥物
1、甲硝唑（metronidazole， 滅滴靈）， 為廣譜抗厭氧菌和抗原蟲藥物， 臨床上將其作為抗賈第蟲首選藥物。 口服劑量為：成人每次0.8g， 每天三次， 連用五天；兒童15mg/（kg.d）， 分三次， 連服五天， 治癒率在90%以上， 該藥對胃腸道有刺激作用， 常引起噁心、嘔吐， 孕婦應慎用或禁用。
2、替咪唑（einidazole， 甲硝磺醯咪唑）， 也是一種抗賈第蟲的有效藥物， 成人每天2g，
3、呋喃唑酮（furazolidone， 痢特靈）， 亦是一種有效的抗賈第蟲藥物， 口服劑量：成人每次100mg， 每日四次；兒童6mg/（Kg.d）， 分四次服下， 連服7～10天， 治癒率可達85%～90%。
4、巴龍黴素（pramomycin）， 本品為一種非腸道吸收氨基糖苷， 其藥效低於其他藥物， 但因其腸道吸收量極低， 毒副作用小， 常用于孕期感染藍氏賈第蟲患者的治療。
5、其他：中草藥苦參、白頭翁對本病也有一定療效。
