腸梨形鞭毛蟲感染後症狀的輕重， 與蟲株毒力和人體狀況有關， 當受染者胃酸缺乏和全身性免疫球蛋白低下時易發病。 病變部位的不同症狀有很大差異， 有的僅為無症狀帶蟲者， 有的則可導致嚴重的吸收不良綜合征。
梨形鞭毛病的三大類症狀
膽道系統症狀：腸梨形鞭毛蟲病在膽道系統寄生， 可以引起膽囊炎及膽管炎。 主要症狀為上腹部疼痛、食欲不振、消化不良、噁心、噯氣、胃部燒灼感、肝脾腫大， 有壓痛、進食油膩時加重， 有時可出現黃疸。
神經症狀：如失眠、頭痛、乏力、眩暈、眼發黑、出汗、神經興奮性增強、肌腱反射亢進等較為常見。
甲狀腺機能失調：曾有人發現部分（15.5%）腸梨形鞭毛蟲病患者的甲狀腺機能有改變， 其中以甲狀腺機能亢進佔大多數， 基礎代謝增高16%～20%， 部分患者可增高30%， 因而也會產生甲狀腺機能亢進的症狀。
急性或慢性闌尾炎型：症狀與一般闌尾炎相似。 切除的闌尾， 呈炎性病變， 粘膜有時可見潰瘍， 絨毛間可發現大量滋養體。
十二指腸炎型：有似十二指腸潰瘍樣疼痛， 伴有納差、低血壓等。 X線檢查多顯示球部變形， 甚至有潰瘍征。 抗蟲治療後可以消除上述症狀。
直腸乙狀結腸炎型：與一般直腸乙狀結腸炎同。 用乙狀結腸鏡檢查， 可見彌漫性充血、水腫、嚴重者有圓形潰瘍， 潰瘍表面覆有滲出性假膜。 拭子檢查可見大量滋養體。
結腸炎型：主要症狀有腹部鈍痛， 陣陣加劇， 伴噁心、嘔吐、腹瀉， 常被誤診為痢疾。
