手足口病屬於中醫“風溫”、“濕溫”、“時疫”等範疇， 其病因為感受疫毒時邪， 病位主要在肺、脾、心三髒。 小兒脾常不足， 肺臟嬌嫩， 易受損傷。 疫毒時邪由口鼻而入， 內侵肺脾， 衛表被遏， 肺氣失宣， 則見發熱、頭痛、咳嗽、流涕等；邪毒循經， 薰蒸口舌， 可見口腔皰疹、口痛、拒食、流涎；邪熱薰蒸四肢， 則手足出現皰疹；若毒熱內盛， 氣營兩燔， 則四肢臀部皰疹分佈稠密， 症狀深重；若邪毒逆傳心包， 內陷厥陰， 可出現壯熱、神昏、抽搐等危象。
在中醫教科書中， 對“手足口病”辨證分型僅有“邪犯肺脾”、“濕熱蒸盛”兩個。 王有鵬教授參照國內防治手足口病最新研究成果及古典文獻防治小兒傳染病方面的相關記載，
普通證型共分為6種證候
邪犯肺衛 證候為發熱輕微或無發熱， 微惡風寒， 汗出不暢或無汗， 或輕微咳嗽、流涕， 手足斑疹隱隱或無斑疹， 僅見咽部散在皰疹， 咽痛， 舌紅， 苔薄白或薄黃， 脈浮數。 治法為辛涼透表， 清熱解毒。 方藥以銀翹散加減。
肺胃熱熾 證候為壯熱面赤， 出大汗， 口渴， 手、足、口腔及臀部出現斑丘疹或皰疹， 疹色淡紅質潤， 皰液清亮， 大便秘結， 舌紅， 苔黃燥， 脈數有力。 治法為辛寒清氣， 泄熱解毒。 方藥為白虎東加減。
氣營兩燔 證候為壯熱面赤， 心煩躁擾， 手、足、口腔及臀部可見大量斑丘疹或皰疹，
濕熱交阻 證候為低熱起伏， 納差， 噁心， 嘔吐泄瀉， 皰疹色澤紫暗， 分佈稠密， 或成簇出現， 皰液渾濁， 可伴有瘙癢， 舌質紅， 苔黃厚膩或薄黃膩， 脈滑數。 治法為利濕化濁， 清熱解毒。 方藥為甘露消毒丹加減。
心脾積熱 證候為發熱輕微或無發熱， 以口腔內皰疹為主， 潰破後形成潰瘍， 疼痛流涎， 不欲進食。 心煩口渴， 意欲飲冷， 口燥脣乾， 吐舌弄舌， 便幹溲赤， 舌尖紅， 苔薄或薄黃， 脈數。 治法為清心瀉脾， 降火解毒。 方藥為導赤散和清熱瀉脾散加減。
肺胃陰傷 證候為疹退熱淨， 咽幹口燥， 乾咳少痰，
重症證型可分為兩種證候
邪陷厥陰 證候為高熱不退， 煩悶燥擾， 牙關緊閉， 手足抽搐， 甚則神昏譫語， 舌質絳而幹， 或舌焦起刺， 脈弦而數。 治法為清熱開竅， 熄風解痙。 方藥為羚角鉤藤湯和安宮牛黃丸加減。 同時可送服紫雪丹、至寶丹。
心陽虛衰 證候為突然面色蒼白而青， 口唇發紫， 呼吸淺促， 額汗不溫， 四肢厥冷， 虛煩不安， 舌苔白滑， 脈微欲絕。 治法為回陽救逆， 益氣固脫。 方藥為參附龍牡救逆東加減。
在上述中醫分型診治的同時， 王有鵬還建議同步採用中醫外治法。
漱口方 金銀花、板藍根、連翹各5克， 黃連3克，
外洗方 手足紅腫明顯， 可用黃芩、黃連、丹皮各10克， 紅花6克， 煎水浸泡。 如果感覺瘙癢， 可用生地、丹皮、板藍根、白蘚皮、地膚子各10克， 忍冬藤20克， 紅花6克， 煎水清洗患處， 每日3次連用1周。
外敷方 西瓜霜、冰硼散、珠黃散、雙料喉風散、華素片任選一種， 塗擦患處， 每日兩次。 金黃散、青黛散、賽金化毒散任選一種加蒸餾水調勻， 以消毒棉簽塗敷， 如破潰者， 以植物油調成糊狀外敷。
