《三易洞璣》作者黃道周為明末閩海大儒， 《三易洞璣》為其主要代表作之一。 所謂“三易”， 是指伏羲之《易》、文王之《易》和孔子之《易》；“洞璣”是說璣衡為古人測量天文的儀器。 按照《易經》所載歷數以測天文， 可以洞悉天地乃至人事之玄機。 全書共16卷， 其中4~6卷為《文圖經緯》， 黃氏對中醫基礎理論的有關論述集中體現在這一部分論述裡。
獨特的見解
明末是理學從巔峰走向衰退的時期， 儒家學人消化吸收佛道兩家乃至西洋學術思想， 獨樹一幟， 頗有建樹。 在其當時， 黃道周的學術， 並不以醫學著名， 但是其有關傳統生命科學的認識，
關於藏象
藏象學說是研究人體各個臟腑的生理功能、病理變化及其相互關係的學說， 是在象數易學的指導下， 概括總結而成的， 是中醫學理論體系中極其重要的組成部分。 《內經》無疑是多個不同時代作者的醫學論文彙編， 所以對於藏象的認識， 各篇也不盡相同。 總括來說， 大概有六節藏象、九宮八風藏象和五行藏象等不同內容， 其中， 取得後來學術主流地位的是五行藏象， 其主要內容是肝木、心火、脾土、肺金、腎水的分配方法。 《三易洞璣》對此提出了兩種不同的藏象理論來彌補《內經》的不足。
一為“五德三極”模式。 也就是說， 肺配元氣， 為最重要的臟器；心腎配日月，
二為“河圖洛書藏象”模式。 原文大意是陰藏系背， 為洛書之象， 肺九腎一、肝三脾七， 胃五在中， 交通沖脈和陰陽維脈， 此為五臟。 心為五臟之主， 都統於膻中。 陽腑系於腹， 為河圖之象， 鬲、包絡二七在上， 胞、膀胱一六在下， 小腸、闌門三八在左而交於前， 大腸、氣海以四九在右而交於後， 此為四腑四房。 胃以十治於中央， 膽為四腑之主， 都統於胞中。 在此體系中， 心、胃、膽三者作用特別突出。
關於經絡和子午流注
在該卷中， 作者首先對人體腧穴、解剖部位與天文星象之間進行了一一對照。 對於人體骨度、經脈陰陽屬性、絡脈和經別的象數特徵進行了全面的整理， 很多內容和傳統中醫學有很大不同。 傳統中醫學十二經絡分屬三陰三陽， 而黃氏又將其配屬六十花甲和卦象， 書中特別重視奇經八脈和星象度量和卦象度量之間的關係， 足以見天人合一並非妄談。 這一部分的內容極其複雜詳細， 乃至於落實到具體的穴位和卦象的對應關係， 為歷代中醫古籍所未載。 宋代以來論針灸之學， 必候四時八風之氣， 故有子午流注學說，
關於五運六氣
傳統中醫學利用五運六氣理論及其推論， 對疾病進行預測、運籌和評估， 產生了系統、複雜的各家學術流派， 運氣理論作為象數的根源， 歷來受到中醫學研究的高度推崇。 與運氣理論標榜其學源自《太始天元冊》， 十幹化運和十二支化氣來自所謂的“五氣經天圖”不同， 黃氏根據自己對於該圖的歲差計算， 認為運氣理論的天文學依據是春秋時期， 而不可能是黃帝時期的理論。 他認為運氣之學出自周禮， 由天官所掌管， 有嚴格的計算和考察方法， 而且中醫學所傳的運氣學說並不吻合實際。
黃氏運氣理論的推算方法和《內經》相比非常獨特，不但天運的演算法不同，年內週期和超年週期都是按照七十二卦來推演，而且人身的象數理論依據也不同。傳統的運氣理論以九星為中心，重視對七政的天文觀察，著重考察日月的運行規律。黃道周的運氣理論在這一點上根本拋棄了《內經》的思想，直接以日（太陽）、歲（木星）二者為陰陽樞紐，此論與現代天文學暗合。
意 義
除了上述內容以外，黃氏《三易洞璣》等書中論述的中醫基礎理論，還涉及三部九侯、脈診、夢診等內容，也有很多創新之處。這些有關中醫理論的論述，不但在明末，乃至在當代也都有重要的啟發意義。
一是在傳統學術體系的基礎上去認識和理解中醫學。中醫學在傳統上被稱為方技，其主要的科學方法就是象數。所謂學究天人，天人合一，是由於天文因素對地球生命系統的決定性影響，明確了首先需要建立天文學的術數系統。這是黃氏所處的時代，傳統中醫學學術範式所決定的研究思路。這一點，啟發我們今天的中醫學界對於傳統學術的繼承，應該自覺補課，特別是應該開展醫易研究，在傳統學術體系的基礎上去認識和理解中醫學。
二是中醫學基礎理論需要去偽存真。黃道周對於中醫學的經典理論描述，具有獨特的視角。根據自己對於天文學和象數的研究，作者認為《黃帝內經》等中醫古籍有不當之處，不能盲從。這和大多數中醫學者自宋以來的遵經學風大有不同。宋人校書，於醫經功過兼有，並且是功大於過。至於後人尊經乃至死於句下，並非前人之過。中醫學的基礎理論的確需要去偽存真，堅持實踐的理性，這啟發我們中醫基礎理論的研究工作應該把醫經放在一個既崇高，需要標榜，又理性，可以修訂的合理的位置上。
黃道周的運氣理論重視對歲、日的觀察。黃氏運氣理論的推算方法和《內經》相比非常獨特，不但天運的演算法不同，年內週期和超年週期都是按照七十二卦來推演，而且人身的象數理論依據也不同。傳統的運氣理論以九星為中心，重視對七政的天文觀察，著重考察日月的運行規律。黃道周的運氣理論在這一點上根本拋棄了《內經》的思想，直接以日（太陽）、歲（木星）二者為陰陽樞紐，此論與現代天文學暗合。
意 義
除了上述內容以外，黃氏《三易洞璣》等書中論述的中醫基礎理論，還涉及三部九侯、脈診、夢診等內容，也有很多創新之處。這些有關中醫理論的論述，不但在明末，乃至在當代也都有重要的啟發意義。
一是在傳統學術體系的基礎上去認識和理解中醫學。中醫學在傳統上被稱為方技，其主要的科學方法就是象數。所謂學究天人，天人合一，是由於天文因素對地球生命系統的決定性影響，明確了首先需要建立天文學的術數系統。這是黃氏所處的時代，傳統中醫學學術範式所決定的研究思路。這一點，啟發我們今天的中醫學界對於傳統學術的繼承，應該自覺補課，特別是應該開展醫易研究，在傳統學術體系的基礎上去認識和理解中醫學。
二是中醫學基礎理論需要去偽存真。黃道周對於中醫學的經典理論描述，具有獨特的視角。根據自己對於天文學和象數的研究，作者認為《黃帝內經》等中醫古籍有不當之處，不能盲從。這和大多數中醫學者自宋以來的遵經學風大有不同。宋人校書，於醫經功過兼有，並且是功大於過。至於後人尊經乃至死於句下，並非前人之過。中醫學的基礎理論的確需要去偽存真，堅持實踐的理性，這啟發我們中醫基礎理論的研究工作應該把醫經放在一個既崇高，需要標榜，又理性，可以修訂的合理的位置上。
