肺動脈高壓的發生是個非常複雜的過程， 有些患者患病的原因不明；一些患者是因為遺傳因素；還有一些患者則是因為一些特殊的疾病。
肺動脈高壓本身發生病變：有分流的先天性心臟病、結締組織病、愛滋病、肝臟方面疾病引起（門脈高壓）、甲狀腺疾病、脾切除術後等。
引起肺靜脈壓力增高的疾病：瓣膜病、心肌病和縮窄性心包炎等；
肺部或/和胸廓疾病：慢性阻塞性肺病、間質性肺病、睡眠呼吸障礙等。
引起肺動脈局部堵塞的疾病：肺血栓栓塞症、肺部腫瘤、血吸蟲病等。
其他疾病：結節病等。
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