肛瘺的分類方法很多， 簡單介紹下面兩種：
一、按瘺管位置高低分類
1、低位肛瘺：瘺管位於外括約肌深部以下。 可分為低位單純性肛瘺（只有1個瘺管）和低位複雜性肛瘺（有多個瘺口和瘺管）。
2、高位肛瘺：瘺管位於外括約肌深部以上。 可分為高位單純性肛瘺（只有1個瘺管）和高位複雜性肛瘺（有多個瘺口和瘺管）。 此種分類方法， 臨床較為常用。
二、按瘺管與括約肌的關係分類
1、肛管括約肌間型：約占肛瘺的70%， 多因肛管周圍膿腫引起。 瘺管位於內外括約肌之間， 內口在齒狀線附近， 外口大多在肛緣附近， 為低位肛瘺。
2、經肛管括約肌型：約占25%， 多因坐骨肛管間隙膿腫引起， 可為低位元或高位肛瘺。 瘺管穿過外括約肌、坐骨直腸間隙， 開口于肛周皮膚上。
3、肛管括約肌上型：為高位肛瘺， 較為少見， 約占4%， 瘺管在括約肌間向上延伸， 越過恥骨直腸肌， 向下經坐骨直腸間隙穿透肛周皮膚。
4、肛管括約肌外型：最少見， 僅占1%。 多為骨盆直腸間隙膿腫合併坐骨肛管間隙膿腫的後果。 瘺管自會陰部皮膚向上經坐骨直腸間隙和肛提肌， 然後穿入盆腔或直腸。 這類肛瘺常因外傷、腸道惡性腫瘤、Crohn病引起， 治療較為困難。
