水菖蒲：
根莖扁圓柱形， 少有分枝， 長10～24cm， 直徑1～1.5cm。 表面類白色至棕紅色， 有細縱紋；節間長0.2～1.5cm， 上側有凹陷的圓點狀根痕， 節上殘留棕紅色毛須。 質硬， 折斷面呈海綿樣， 類白色或淡棕色；橫切面內皮層環明顯， 有多數小空洞及維管束小點。 氣較濃烈而特異， 味苦、辛。
石菖蒲：
根莖呈扁圓柱形， 稍彎曲， 常有分枝， 長3～20cm， 直徑0.3～1cm。 表面棕褐色、棕紅色或灰黃色， 粗糙， 多環節， 節間長0.2～0.8cm， 上側有略呈扁三角形的葉痕， 左右交互排列， 下側有圓點狀根痕， 節部有時殘留有毛鱗狀葉基。 質硬脆， 折斷面呈纖維性， 類白色或微紅色；橫切面內皮層環明顯，
