要確定肛瘺的內口位置可以採用病理檢查和細菌培養、從病史上判斷內口的位置、碘油造影、肛門鏡檢查、根據外口與肛門的距離來判斷內口的部位、染色檢查、通過探針檢查及通過觸診可以幫助瞭解內口的位置等方法。
因內口是肛瘺的原發病灶， 必須準確定位其內口部位和弄清其數量， 如檢查不清或定位錯誤， 必然會導致治療失敗。 因此在瘺檢查中正確判斷內口的位置及數量， 對治療具有重要的意義。
1.病理檢查和細菌培養
可幫助診斷和指導治療。
2.從病史上判斷內口的位置
如有多個外口，
3.碘油造影
從肛竇外口注入30%～40%碘油或12.5%碘化鈉溶液， 然後攝片。 可見瘺管深淺分支與鄰近器官的關係。 此法多用於高位複雜性肛瘺， 一般肛瘺不作為常規檢查。
4.肛門鏡檢查
用雙葉肛門鏡張開肛門， 可見內口所在肛竇紅腫、發炎、變深， 用鉤狀探針輕輕探查， 不難找到內口。
5.根據外口與肛門的距離來判斷內口的部位
經過肛門中部畫一橫線， 如外口在橫線之上， 離肛門不超過5cm， 其內口在肛門齒線上與外口相互對應;如外口距離肛門超過5cm或外口在此線之後， 這些瘺管多數是向後彎曲的， 內口常在肛管後中線上。
6.染色檢查
本法尋找內口準確，
具體方法是：先將鹽水紗條放入直腸， 再用1%雙氧水加龍膽紫液， 或用1%亞甲藍溶液， 從瘺管外口注入， 觀察內口有無染色液流出， 跟據紗布染色的位置， 即可判斷內口位置。
如紗布條無染色， 也不能肯定無內口。 管道彎曲， 受括約肌收縮影響。 被膿液阻塞， 或內口暫時閉合， 使染色溶液不能通過內口， 無法染色於紗布。 手術時應加以注意。
7.探針檢查
主要探明瘺管走行方向、深淺和內口的位置。 探查直瘺時， 將探針從外口伸入， 食指深入肛管， 指尖按在可疑內口處， 探針從內口探出。 若彎曲瘺管或複雜的瘺管行徑彎曲， 探針不易探過， 可用銀制細軟探針探查。 探查不可用力太猛， 以免造成假瘺道和假內口。
8.通過觸診可以幫助瞭解內口的位置
肛門周圍膿腫破潰或切開排膿後， 大約經過2～3個月形成瘺管管壁。 如果瘺管位於表淺部位， 通過觸診可以觸到條索走行， 順著向肛門走行的條索， 可以發現內口的部位。
