《內經》首次提出溫病病名， 根據溫病初起是否有裡熱見證， 及病證特點是否符合時令病邪的致病特點， 把溫病分為新感溫病與伏氣溫病兩大類。
其中， 伏氣溫病是指感邪後邪氣伏藏， 過時而發， 病發於裡的一類溫病。 歷代醫家多以伏邪來解釋伏氣溫病， 但有些醫家對於是否存在伏邪問題存在質疑， 伏邪是存在的， 下面試從麻疹一病淺談對伏邪的理解。
麻疹屬於溫病學中伏氣溫病範疇， 從其發病症狀即可判斷， “初時發熱， 儼似傷寒， 目出淚而不止， 鼻流涕而不幹。 咳嗽太急， 煩躁難安。 以火照之， 隱隱皮膚之下；以手抹之，
對於傷寒與溫病的區別， 《傷寒論》已有明確的定義。 第3條雲：“太陽病， 或已發熱， 或未發熱， 必惡寒， 體痛， 嘔逆， 脈陰陽俱緊者， 名為傷寒。 ”第6條雲：“太陽病， 發熱而渴， 不惡寒者為溫病。 ”麻疹並無惡寒表證， 此乃邪氣由裡至外傳變， 故見發熱、流淚、流涕、咳嗽等症。 正如尤在涇所說：“是以傷寒之邪， 自太陽遞入三陰， 溫病之邪， 自少陰傳出三陽。 ”此為傷寒與溫病之異也。
《小兒藥證直訣》記載：“小兒在胎十月， 食五臟血穢， 生下則其毒當出。 ”《活幼心書》雲：“瘡疹之作， 始自嬰孩生時， 啼聲一出， 則咽下口中穢濁， 蓄之在胃， 因氣運變遷， 主客勝複， 邪氣鬱發， 與元受穢濁激搏， 而形於肌肉皮膚之外。
此處所提之瘡疹， 從其後文“輕者如麻， 俗言麻子；重者如豆， 謂之豆瘡”來看， 與麻疹異名而同類焉， 僅症狀之輕重異耳。 或曰：“前文言溫病之邪自少陰傳出三陽， 此言蓄之在胃， 二者豈非矛盾乎？《小兒藥證直訣》雲其毒當出， 此豈非無伏邪之證焉？”
胃為後天之本， 主受納腐熟水穀， 邪氣確實可以由口進入胃， 但“六腑以通為用”， “胃宜降為和”， 此言“蓄之在胃”， 僅是言胃為邪氣進入人體之通路， 非為邪之所伏之處也， 僅舉一例即可明瞭：
人食水穀後， 亦可稱水穀蓄之在胃， 必待胃之腐熟、脾之運化才可將精微敷布於全身， 豈可言食物留於胃而不行？《素問·上古天真論》雲：“腎者主水， 受五臟六腑之精而藏之，
由此可知， 胃中的穢濁之氣可從水穀之道下流入腎， 閉藏於其中。 《小兒藥證直訣》雲：“小兒在胎十月， 食五臟血穢， ”此血穢稟受於母體， 故可稱之為胎毒。 “生下則其毒當出”並非言發病， 而是指五臟之血穢隨胎兒出生而排出母體， 形成所謂之惡露， 正如《活幼心書》所講， “嬰孩生時， 啼聲一出， 則咽下口中穢濁”。 由此看來， 麻疹的成因則是體內有伏邪， 即胎毒， 適逢非運之氣， 則發病。
正如《幼幼集成》所說：“麻雖胎毒， 多帶時行。 氣候寒溫非令， 男女傳染而成。 ”若僅是非其時有其氣， 為何只有一部分人會發病， 而其餘人健康？正所謂“邪之所湊， 其氣必虛”， 胎毒伏藏於人體， 暗耗正氣， 久而久之， 則素體虧虛。 此為伏邪之一證也。
《溫病條辨》雲：“痘證為先天胎毒， 由肝腎而脾胃而心肺， 是矣。 總未議及發於子午、卯酉之年， 而他年罕發者何故。 蓋子午者， 君火司天；卯酉者， 君火在泉；人身之司君火者， 少陰也。 少陰有兩髒， 心與腎也。 先天之毒藏於腎臟。 腎者， 坎也， 有二陰以戀一陽， 又以太陽寒水為腑， 故不發也， 必待君火之年， 與人身君火之氣相搏， 激而後發也。 ”
吳鞠通所述即內有伏邪， 外遇戾氣而發病， 此處具體提及何年易病， 應用五運六氣解釋更具說服力， 並可指導臨床在此年份多加預防。 《素問·六元正紀大論》篇對五運六氣有詳細的解釋， 其記載所發溫病之年份， 皆為君相二火加臨之候， 此為伏邪之二證也。
許多人質疑伏邪學說， 主要在於兩方面，
從另一方面來說， 胎毒為嬰兒在母體時所感受， 稟受于父母先天之精， 腎為先天之本， 主藏五臟之精， 其又有閉藏之職， 不僅可以閉藏正氣， 還可以閉藏邪氣， 故胎毒藏於腎中不出， 亦不發病。
若適逢非時令之氣， 正氣與外界戾氣抗爭， 腎中的元陰元陽為一身的根基， 乃正氣之化源， 此時胎毒邪氣亦隨正氣從腎中而出， 兩邪相合， 正不勝邪， 故發病。
前言外界戾氣引動體內伏邪而發病， 若自然界中無非時之氣， 即人並非感受戾氣， 亦可存在伏邪致病。 如《素問·陰陽應象大論》所雲：“冬傷於寒， 春必病溫。 ”
尤在涇在《醫學讀書記》中反駁王叔和與喻嘉言“寒毒藏於肌膚”的觀點， 並提出“惟少陰為陰，寒邪亦為陰，以陰遇陰，故得藏而不發”之說，腎為少陰之髒，與前文所述胎毒伏邪藏於腎中並不矛盾。
《素問·四氣調神大論》雲：“冬三月，此為閉藏，水冰地坼，無擾乎陽。”冬主閉藏，不但可以閉藏精氣，還可閉藏邪氣，若邪氣伏于陰分，兩陰相得，則可使邪氣閉而不出。至春天，陽氣始生，萬物萌發，邪氣亦順應時氣從少陰入于三陽，寒邪在少陰鬱閉日久則化熱，得春天陽氣的資助，則熱性更強，故不同於傷寒，而名之溫病，由此則可以解釋為何“冬傷於寒，春必病溫”。
並提出“惟少陰為陰，寒邪亦為陰，以陰遇陰，故得藏而不發”之說，腎為少陰之髒，與前文所述胎毒伏邪藏於腎中並不矛盾。《素問·四氣調神大論》雲：“冬三月，此為閉藏，水冰地坼，無擾乎陽。”冬主閉藏，不但可以閉藏精氣，還可閉藏邪氣，若邪氣伏于陰分，兩陰相得，則可使邪氣閉而不出。至春天，陽氣始生，萬物萌發，邪氣亦順應時氣從少陰入于三陽，寒邪在少陰鬱閉日久則化熱，得春天陽氣的資助，則熱性更強，故不同於傷寒，而名之溫病，由此則可以解釋為何“冬傷於寒，春必病溫”。
