女性子宮內膜異位症的發病原因很複雜, 有多種學說, 如子宮內膜種植學說、體腔上皮化生學說、淋巴及靜脈播散學說、免疫學說, 但仍以經血倒流、種植和體腔上皮化生學說為主導理論, 並且與現在的剖腹產、人工流產、腹部手術、遺傳因素以及經期激烈的體育運動或重體力勞動均有直接關係, 比如人流在刮不乾淨的情況下, 也可造成子宮內膜異位症, 如果刮狠了, 刮深了, 就容易得子宮肌腺症, 子宮肌層裡面的細胞, 在子宮肌層形成一個縫隙, 這個縫隙可以使子宮內膜進去, 就造成了子宮肌腺症,
此外, 女性子宮內膜異位症表現為直腸、膀胱週期性出血, 月經期排便疼痛, 首選應考慮直腸、膀胱的子宮內膜異位症, 必要時可做膀胱鏡或直腸鏡檢查, 有潰瘍時還應取組織做病理檢查。 腹壁疤痕有週期性硬結疼痛, 病史中有子宮腹壁懸吊術、剖腹產或剖宮手術者, 則診斷亦可確立。 可疑病例經藥物治療有效者亦可診斷。