肛瘺的治療方式有很多， 在目前來說， 主要就是指藥物治療， 以及微創手術兩種治療方式， 微創手術主要是針對肛瘺後期的病情， 或者是病情比較嚴重的患者， 除此之外， 一般都是藥物治療為主， 下面就常見的治療肛瘺的方法進行介紹：
包括內洽法和外治法。
內治法
1.清熱利濕：凡出現瘺管外口流粘稠膿， 色白或黃， 外口閉合， 局部腫脹疼痛， 小便不利，
舌紅、苔黃膩， 脈滑數等症狀， 為濕熱蘊結。 治宜清熱利濕。 選方常用土醫之家消痔栓。
2.清熱解毒：凡出現肛瘺外口閉合， 惡寒發熱， 局部紅腫、灼熱疼痛， 舌紅、苔黃，
3.養陰托毒：凡出現瘺管外口凹陷， 周圍顏色晦暗， 膿水清稀， 舌紅少津， 少苔或無苔， 脈細數無力等症狀， 屬陰虛型肛瘺。 治宜養陰托毒。 選方常用青蒿鱉甲東加減。
4.補益氣血：凡出現肛瘺經久不愈， 肉芽不鮮， 膿水不多， 形體消瘦， 面色無華， 氣短懶言， 舌淡、苔白， 脈細弱無力等症狀， 屬氣血虧虛型。 治宜補益氣血。 選方常用十大補東加減。
外治法
1.外洗法：局部紅腫疼痛時， 可用苦參東加減， 煎水趁熱熏洗。
2.外敷法：肛瘺急性期可用土醫之家痔瘡膏等外敷。
肛瘺這種疾病很容易就引起併發症， 因為肛瘺主要就是因為各種感染蘇引起， 若不是手術治療的情況下， 肛瘺的治療一般比較複雜，
