為了避免感染並保持大便鬆軟以減少疼痛和痙攣， 保持良好的肛門衛生將有利於肛裂本身的癒合。 但是肛裂常常復發， 已知外科手術是唯一能打破這種迴圈的治療方法， 所以手術是治療頑固性肛裂的最佳治療選擇。
常規治療將麻醉膏直接塗到肛裂上是第一道防線。
如果早期肛裂用這兩種方法治療通常是有用的， 如果用這些方法治療肛裂無效或肛裂還不太嚴重， 內科醫生可能進行局部麻醉並將帶指套的手指插入肛門擴張肛門括約肌。 這樣可減輕肛管內的壓力， 造成一個有助於癒合的環境。
如果肛裂特別疼， 治療方法無效， 或為了達到長期治療的目的。 手術是最好的治療方法。 手術方法包括分離肛門下括約肌， 使其不能拉緊而潛在地引起肛裂。 外科手術也可以去除肛裂， 如果存在哨狀痔， 也可一起切除， 並用皮膚包繞肛裂， 這種手術在局麻或腰麻下在門診就可進行， 一般手術過程需要20分鐘， 而且非常有效。 肛裂通常可以癒合， 如果術後能保持高纖維飲食， 未必發生復發。 90％以上已經手術的病人沒有再發肛裂。 手術後3-4天即可恢復， 手術後你也許感到胃腸脹氣。
輔助治療
通過調節你的排便（見便秘下腹瀉）和減少緊張及憂慮情緒， 常可使肛裂癒合。 如果你能保持這種生活方式的改變， 未必發生肛裂。
中醫療法蒲公英（藥用蒲公英）茶有助於保持大便鬆軟， 用一杯水配製蒲公英根， 並且用文火慢陵煮。 家庭治療讓別人用一個帶膠手套的手指將含有氫化可的松或維生素A和維生素D的軟膏插入肛門。 氫化可的松能減輕水腫和疼痛， 維生素軟膏能緩解疼痛促進癒合。
