引起先天性心臟病的原因很多， 可能和母親懷孕期間的健康和營養狀況有關， 母親在懷孕的最初3個月內患病毒感染， 如風疹、流行性腮腺炎、流感等， 可能影響胎兒的心臟和大血管的發育， 形成先天性心臟病或同時合併有其他方面的畸形。 母親懷孕期間患有內分泌疾病；接受放射線的照射或其他藥物、毒物的作用， 也可能引起胎兒心血管的畸形。 另外， 高原地區缺氧的環境、家族、遺傳因素等， 也可能是發生的原因。
引起小兒心臟發育畸形的根本原因， 目前仍不十分清楚， 但歸納起來肯定和以下幾個因素有關：
一、 胎兒心臟某部分發育到較低的階段即停止， 或由於發育的過程中發生了軸轉的錯誤， 如大血管易位。
二、小兒出生後， 仍長期留存一部分胎兒期所需要的特殊心血管通路， 如動脈導管未閉等。
三、母親的疾病往往影響胎兒發育， 母親在妊娠最初3個月內被病毒感染， 尤其是風疹病毒， 則小兒易發生心臟畸形。
四、母親在懷孕期間吃了某些藥物， 也可以導致胎兒心臟畸形。
五、某些可導致先天性心臟病的遺傳因素。
