藥物1：免疫促進劑或激素類藥物。 這類藥物在國外應用較廣， 可有效治療某些深大、久治不愈的潰瘍， 並能抑制潰瘍復發長達3-6個月。 但激素長期應用可產生某些嚴重不良副作用。 免疫促進劑也能降低潰瘍的復發， 如轉移因數、胸腺肽等， 但此類藥物長期使用後療效有可能降低。
藥物2：新型生物製劑。 這類藥物是隨著基因工程的迅猛發展而研究開發出來的新一類藥物， 分為免疫因數和生長因數兩類。 免疫因數對於免疫功能低下的患者如放化療術後的口腔粘膜炎具有顯著療效。 生長因數類製劑主要是直接刺激創面細胞分裂增殖，
藥物3：中藥製劑。 主要成分為冰片、青黛， 多具有清熱解毒、活血化淤、生肌止痛功效。 成藥有潰瘍散、養陰生肌散、錫類散、西瓜霜噴劑和複方草珊瑚含片等。 複合製劑。 如潰瘍膏、潰瘍膜和複方金黴素藥膜等， 治療效果確切。
另外， 還有一種針對初發口腔潰瘍時使用“三合一”法對付它有不錯的效果：飯後先用食鹽水漱口2次， 漱口後隔1～2分鐘， 用清水漱口2遍， 再取涼濃茶漱口1～3次， 最後取維生素c（0.1克/片）1片， 壓碎成粉， 用棉簽蘸粉塗於潰瘍表面， 閉口片刻。 以上方法早晚各一次， 潰瘍多在3天內痊癒。
