抗生素治療主要適用於有細菌引起的急性復發性鼻竇炎發作， 嚴格來講， 應該根據鼻竇分泌物的細菌培養和藥敏試驗結果選擇敏感的抗生素。 但由於臨床過程中獲得鼻竇分泌物較困難， 且細菌培養結果需要等待， 常難以被患者接受。 基層醫院在臨床上也很少行穿刺細菌培養， 故抗感染藥物的選擇多依靠臨床病史。
在過去幾年中， 鼻竇炎最常見的致病菌肺炎鏈球菌的青黴素耐藥率不斷增加， 目前有25%~50%的菌株相對或高度耐藥， 因此選擇合適的抗生素成為治療鼻竇炎的關鍵因素。
抗生素的選擇標準：
①極佳的抗肺炎球菌活性;
②良好的抗革蘭陰性菌活性;
③抗菌譜覆蓋葡萄球菌;
④抗菌譜覆蓋厭氧菌。
目前首選為青黴素類(阿莫西林-克拉維酸)或頭孢類， 喹諾酮類屬二線藥物。 選擇的常用藥如下：
①阿莫西林-克拉維酸鉀：成人及12歲以上兒童空腹口服375mg， tid;7～12歲兒童糖漿10mL/次， tid;2～7歲兒童糖漿5mL/次， tid;9個月～2歲兒童糖漿2.5 mL/次， tid。 青黴素過敏者禁用。
②頭孢呋辛酯：500mg， bid。 注意事項：對青黴素過敏者、妊娠及哺乳婦女慎用;同時接受強利尿劑(如速尿)者， 可使腎功能損害;片劑不可壓碎後服用。
③頭孢丙烯：成人500mg， qd;2～12歲兒童， 每次7.5mg/kg， bid。 注意事項：對頭孢菌素類過敏患者禁用， 對青黴素過敏者慎用。
④莫西沙星：適用於對β-內醯胺過敏或最近使用其他藥物治療失敗的患者。 使用方法：成人400 mg/次，
喹諾酮類藥物， 如環丙沙星、左氧氟沙星和莫西沙星等也均可在特定情況下用於鼻竇炎治療。 當發生反復遷延或重症鼻竇炎時， 應考慮致病菌可能為厭氧菌， 此時可聯用克林黴素、甲硝唑和其他廣譜抗生素治療。 通過吸入途徑局部使用抗生素治療鼻竇炎也是很有應用前景的治療方法， 可通過該途徑使用的抗生素包括妥布黴素、慶大黴素、環丙沙星和左氧氟沙星等。
