子宮內膜異位症的症狀與體征隨異位內膜的部位而不同, 並與月經週期有密切關係。 痛經為子宮內膜異位症患者的一個常見而突出的症狀, 多為繼發性, 即自發生內膜異位開始, 患者往往訴說以往月經來潮時並無疼痛, 而從某一個時期開始出現痛經。 痛經可發生在月經前、月經時及月經後。
子宮內膜異位症患者常伴有不孕。 根據國內外統計, 大約有半數左右子宮內膜異位症的患者同時患有不孕症。 隨著不孕症發病率的上升, 子宮內膜異位症已經成為引起不孕的主要原因。 但不孕與內膜異位症的因果關係尚有爭論,
此外, 子宮內膜異位症患者的月經量往往增多, 經期延長, 可能由於內膜增多所致, 但多伴有卵巢功能失調。