1、病因治療：及時選用適當的抗菌藥物是治療的關鍵。 根據細菌培養及藥敏試驗選用有殺菌作用的抗生素。 如G+菌選用青黴素類， 產酶菌株選用新青黴素類或第一代頭孢菌素、林可黴素等；G-菌選用氨苄青黴素、核糖黴素或第2、3代頭孢菌素。
在病菌不明確時可選用抗菌譜較寬的藥物。 重症感染可聯合用藥， 但應注意由此引起的菌群紊亂及二重感染。 為儘快達到有效血藥濃度應採用靜脈途徑給藥。 療程視血培養結果、療效、有無並症而異， 一般7-14天， 有併發症者應治療3周以上。
2、及病灶清除：局部有臍炎、皮膚化膿灶、口腔粘膜潰爛等應作相應處理，
3、免疫治療：可直接補充新生兒血中的各種免疫因數及抗體， 增強免疫功能， 促進疾病恢復。 方法包括多次小量輸入新鮮全血或血漿， 換血療法， 粒細胞輸注， 以及免疫球蛋白、免疫核糖核酸治療等。
4、支持療法：臥床休息， 加強營養， 補充適量維生素， 保證熱卡供應。 維持水、電解質及酸堿平衡。 必要時給予輸血、血漿、白蛋白和丙種球蛋白。 高熱時可給予物理降溫。
5、對症治療：採用物理方法使患兒保持正常體溫。 發紺時可吸氧。 有迴圈障礙者應補充血容量並用血管活性藥物。 煩躁、驚厥可用鎮靜止驚藥。 有腦水腫時應用脫水劑。 單純的敗血症只要是治療得當， 應該是沒有任何後遺症的，
複雜的敗血症， 例如合併腦膜炎、壞死性腸炎等， 其後果， 則視此器官被破壞的程度而有所不同， 例如腦萎縮、水腦症、聽力障礙、消化吸收不良、營養不足或是長期腹瀉等。
