在治療子宮內膜異位症的時候, 要根據患者自身的情況而定。 患病情況不同, 在治療上要辨證施治。 多種藥物及手術達到很高療效, 不破壞卵巢功能, 而放射治療子宮內膜異位症的作用, 使異位的內膜萎縮, 達到治療的目的。 放射線對異位的內膜破壞作用並不明顯, 但對既不能耐受激素治療又因病灶位於腸道、泌尿道及廣泛盆腔粘連, 尤其是合併心、肺或腎等嚴重疾病, 破壞卵巢功能, 達到治療目的。 宮腹腔鏡手術治療子宮內膜異位症的主要優勢就是避免了開腹手術的各種弊端, 創傷小、疼痛輕、恢復快、費用低等,
手術治療是現在比較多見的治療方式, 保守性手術只適用于那些年青人, 對生育有要求的, 保留子宮及附件, 分離粘連, 重建卵巢, 修復組織, 採用宮腹腔鏡治療使手術效果臻于完善, 提高手術後妊娠成功率, 降低復發率。 半根治手術是那些有過生育過的女性, 半根治術後復發率低, 後遺症少, 切除子宮可去除具有活力的子宮內膜細胞種植的來源, 從而可減少復發機會。