1、腹腔鏡手術：通過腹腔鏡檢查， 可明確診斷， 可用特種設計的刀、剪、鉗等進行病灶切除， 分離粘連。 在腹腔鏡下可用CO2雷射器或氦-氖雷射器燒灼病灶， 即在恥骨聯合上2cm處做第二切口， 鐳射刀通過這切口的套管進入盆腔， 在腹腔鏡直視下燒灼病灶。 也可經腹腔鏡穿刺吸出囊液， 再用生理鹽水沖洗， 然後注入無水乙醇5～10ml， 固定5～10分鐘後吸出， 最後用生理鹽水沖洗後吸出。 在腹腔鏡下還可行輸卵管通液檢查。
2、B超下行卵巢內膜樣囊腫穿刺術：對手術剝離術後或腹腔鏡下穿刺後犯病病例， 可考慮超聲下穿刺術及藥物治療。
3、剖腹保守性手術：用於較嚴重病灶粘連患者， 尤其是無腹腔鏡設備醫療機構或腹腔鏡掌握不熟練者， 皆可實行剖腹手術分離粘連， 挖除卵巢子宮內膜樣囊腫， 盡可能保留正常的卵巢組織， 如病灶僅限於一側且較重， 另一側正常， 有人主張將病側附件切除。 這樣做妊娠率較保留病側卵巢後的妊娠率高。 還可做簡單子宮懸吊術。 是否做骶前神經切除值得商榷。
4、放射性治療：雖然放療用於子宮內膜異位症已有多年歷史， 放射治療子宮內膜異位症的作用， 在於破壞卵巢組織， 從而消除卵巢激素的影響， 使異位的內膜萎縮， 達到治療的目的。
