正常睾丸位於陰囊內, 陰囊壁能調節局部溫度使其略低於體溫, 以維持睾丸的正常功能。 隱睾則受環境相對高溫(體溫)的影響, 加上先天的發育不全因素, 因而睾丸發育停滯、生精細胞數量減少且成熟度差, 曲精細管發育不全, 間質纖維化, 各種細胞〔精原細胞、間質細胞、支援細胞(塞爾托利氏細胞)〕退行性變化等組織病變。 並且發現單側隱睾的對側陰囊睾丸, 亦早期存在相同的組織學病變, 故常使單側隱睾者不育。 病變發生的時間並不一致, 近年研究發現生命第1年中隱睾與正常睾,二者基本沒有區別,從第3年起(即2足歲後)存在輕度病理改變,
位置不正常的睾丸, 尤其位於腹膜後者, 發生腫瘤的機會為正常睾丸的30~50倍,睾丸腫瘤中8~15%發生於隱睾, 高發年齡在25~35歲。 隱睾惡變的原因, 可能與年齡增大, 睾丸位置, 環境溫度, 生精上皮萎縮, 激素失衡等有關, 早期治療可減少這種危險。 由於睾丸位於腹股溝管內或恥骨結節附近, 比較表淺、固定、容易受到直接損傷, 精索扭轉的發生率亦高。