由於鼻咽處在鼻腔後方， 醫生需要通過一些檢查方式配合自身臨床經驗來對早期鼻咽癌進行診斷。
鼻咽間接鏡檢查
鼻咽間接鏡檢查是一種簡便、快捷、有效的常規檢查方法， 患者不必做特殊準備， 並且該檢查無痛無創。 檢查時， 醫生頭帶額鏡， 左手持壓舌板， 壓下舌前2/3， 擴大咽弓舌根距離， 右手拿一直徑1.5cm的小圓鏡， 在酒精燈上稍加溫後， 伸入口咽， 借助光線反射觀察鼻咽情況， 鏡面向不同方向轉動， 可觀察鼻咽各部位的情況。 如果患者咽反射敏感， 醫生會用1%～2%的卡因噴咽部1～3次作黏膜表面麻醉後再作檢查。
電子內鏡檢查
目前臨床上多使用長長的纖維軟鏡， 通過鼻腔或經口腔， 深入敵後， 可近距離觀察、照相， 檢查前患者一般不用進行特殊準備工作。
EB病毒相關檢查
目前用來化驗血裡面的EB病毒的抗體和EB病毒游離DNA， 前者有IgA/VCA、IgA/EA等檢測， 間接推測腫瘤在體內存在的可能， 方法簡便， 可在基層單位使用， 現多用來篩選一些風險高的人群;後者是隨著定量PCR技術的發展， 直接定量檢測血漿游離EB病毒DNA， 據報導螢光定量PCR法診斷鼻咽癌的準確性較好， 另外， 該指標可以較靈敏地反映體內腫瘤的負荷， 一定程度上可預警腫瘤的復發或遠處轉移。
需要強調的是， 單憑EB病毒血清學的結果還不能斷定就是鼻咽癌， 要配合其它臨床檢查， 鼻咽有異常病灶者，
病理確診
對於無法做出明確診斷又懷疑鼻咽癌的患者， 通常需要進行病理檢查。 使用活檢鉗咬一小塊癌組織送病理科檢查， 病理科醫生在顯微鏡下， 觀察是否有癌細胞存在， 並根據癌細胞的一些特徵進行分類， 一般2～3日可出病理結果。
