近視眼手術在一定程度上解決了高度近視的眼鏡鏡問題， 也滿足了從事特殊職業的人工作的需要， 受到了近視眼病人的歡迎。 但是， 手術無論多麼的簡單、安全， 也絕非萬無一失， 況且， 近視眼手術還不是一個十分成熟的手術， 許多方面還需要提高和改進。
但十多年來全球統計從未有引致失明的例子， 並極少有嚴重的併發症發生， 導致嚴重視力問題的機會只有約千分之一， 而且所幸大都可治療或隨傷口之復原而改善， 只有更少數對視力有某種程度之影響。 因此患者必需對手術有合理的期待，
可能的副作用如下：
1.感染：因手術或術後不潔， 使傷口受到病菌感染， 機率很低， 只要早期發現， 多數可用藥物控制。
2.乾眼症：雷射術後淚水分泌會減少， 可能產生乾眼症狀或使得原本幹眼的人症狀加重， 須補充人工淚水治療， 約3-6個月可改善。
3.老花眼：年齡接近或超過40歲的人， 可能已有老花眼， 近視矯正後即使看遠不用戴眼鏡， 但是看近處或看書時還是需要戴眼鏡， 請與醫師討論適合個人的矯正方式。
4.手術不能保證視力一定達到1.0， 有些病例可能須再次手術， 或配戴眼鏡才能得到最佳視力。
5.眩光或複視：手術初期較常見， 尤其夜間瞳孔變大較會產生， 大部分會慢慢消失， 只有少部分會持續下去。
6.手術中的合併症：多數是角膜瓣切割不良，
7.表皮癒合不良：多見於PRK， 可用治療性隱形眼鏡及人工淚水説明復原。
8.角膜混濁：僅PRK術後會發生， 與個人體質及矯正度數愈高有正相關， 術後1-3個月最明顯， 須點類固醇眼藥水控制， 之後大多會慢慢褪去。
9.角膜瓣皺折或移位：僅見於LASIK， 可能因外傷引起， 會造成不規則散光影響視力， 可再手術鋪平。
10.角膜瓣下雜質或表皮入侵：輕微者不影響視力， 嚴重者須翻開角膜瓣將其去除。
11.矯正不足或過度矯正：手術後仍殘留近視， 或是超過預期的矯正度數變成遠視， 是最常見的副作用， 視情況可於度數穩定後再次雷射矯正。
12.畏光：在手術後3至6個月內， 對光線的敏感度增加， 但多會在6個月後逐漸消失， 極少病例會持續下去。
