所有抗癲癇藥物都可能產生不良反應， 其嚴重程度因不同個體而異。 藥物的不良反應是導致治療失敗的另一個主要原因。 大部分不良反應是輕微的， 但也有少數會危及生命。
最常見的不良反應包括對中樞神經系統的影響、對全身多系統的影響和特異體質反應可以分為四類：
1. 劑量相關的不良反應：例如苯巴比妥的鎮靜作用， 卡馬西平、苯妥英鈉引起的頭暈、複視、共濟失調等與劑量有關。 從小劑量開始緩慢增加劑量， 盡可能不要超過說明書推薦的最大治療劑量可以減輕這類不良反應。
2. 特異體質的不良反應：一般出現在治療開始的前幾周， 與劑量無關。 部分特異體質不良反應雖然罕見但有可能危及生命。 幾乎所有的傳統藥物都有特異體質不良反應的報導。 主要有皮膚損害、嚴重的肝毒性、血液系統損害。 新型藥物中的拉莫三嗪和奧凱西平也有報告。 此類不良反應一般比較輕微， 在停藥後迅速緩解。 部分嚴重者需要立即停藥， 並積極對症處理。
3. 長期的不良反應：與累計劑量有關。 如給予患者能夠控制發作的最小劑量， 若干年無發作後可考慮逐漸撤藥或減量， 有助於減少藥物的長期不良反應。
4. 致畸作用：癲癇婦女後代的畸形發生率是正常婦女的2倍左右。 造成後代畸形的原因是多方面的，
