隱球菌感染的治療， 除了一般的治療注重護理之外， 也會使用到一些抗菌藥物治療， 如氟康唑， 兩性黴素， 這些藥物可以起到殺菌的效果， 是治療陰性球菌感染的常見藥。
1.一般治療
（1）積極治療原發病， 去除病因。
（2）嚴格掌握抗生素、糖皮質激素和免疫抑制劑的用藥指征。
（3）加強護理和支持療法。
2.抗真菌治療
可選用氟康唑、伊曲康唑、氟胞嘧啶、兩性黴素B及其脂質體等。 對於嚴重患者， 予靜脈應用兩性黴素B後口服氟康唑的標準治療方法。 在無愛滋病的輕症患者， 氟康唑口服， 連用8～10周可能有效。 在其他抗真菌藥效果不佳時，
（1）兩性黴素B 兩性黴素B為多烯類抗生素， 與真菌胞膜上的固醇類結合， 改變膜的通透性， 使菌體破壞， 起殺菌作用。 是目前治療隱球菌病、組織胞漿菌病和全身念珠菌病的首選藥物， 對麯黴素菌病效果較差。
1）給藥途徑 ①靜脈滴注 開始宜用小量， 如無不良反應， 漸增劑量， 療程1～3個月。 靜注時用5%葡萄糖液稀釋， 濃度不超過0.05～0.1mg/ml， 緩慢靜脈滴注， 每劑不少於6小時滴完。 濃度過高易引起靜脈炎， 滴速過快可發生抽搐， 心律失常、血壓驟降， 甚至心跳停搏。 ②椎管內注射或腦室內注射 限於治療隱球菌性膜的病情嚴重或靜脈滴注失敗的病例。
2）副作用 噁心、嘔吐、腹痛、發熱、寒戰、頭痛、頭暈、貧血、血小板減少， 血栓性靜脈炎等， 對腎、造血系統有一定毒性。 為減輕副作用， 可於治療前半小時及治療後3小時給阿司匹林， 嚴重者可用靜脈滴注氫化可地松或地塞米松。 用藥期間， 應每隔3～7天檢查血、尿常規及肝、腎功能， 血清肌酐＞2.5mg/dl時用藥應減量， 尿素氮＞40mg/dl應停藥， 停藥2～5周恢復正常， 再從小劑量開始給藥， 注射部位易發生血栓性靜脈炎， 最初輸液部位宜先從四肢遠端小靜脈開始。
