目前， 治療尖銳濕疣多採用局部療法與全身療法相結合的方法。 不同的治療方法， 有各自的適應症及其優缺點， 選擇正確的治療方法對治療疾病有重要作用。
1.藥物治療。 包括免疫製劑（如聚肌胞）， 抗病毒製劑（如無環鳥苷口服）， 中藥製劑等多種藥物， 只能輔助治療。
2.冷凍療法。 液氮或二氧化碳乾冰冷凍， 使濕疣組織壞死。 其最大好處是去除疣組織快， 但在治療過程中出現局部紅腫， 疼痛及水泡潰瘍反應， 目前少採用。
3.鐳射療法。 常用的是二氧化碳鐳射， 燒灼疣體， 一般1次就可脫落。 由於鐳射過於集中， 適用於疣體不太大的濕疣。
4.電燒治療。 電燒灼是一種較老的治療方法， 用高頻電刀燒灼疣體及贅生物。 其特點是操作簡單， 減小快。 但是， 損傷面積大， 燒灼創面恢復慢， 復發率較高。
5.手術治療。 對帶蒂較大、孤立的或疑有惡變質的疣體及贅生物可以採用。 有的患者尖銳疣體生長過於迅速， 或大於菜花， 也可考慮手術治療。 為防止復發， 手術應該配合其他治療。
6.光動力療法。 此方法療效確切， 清除率高， 復發率低， 安全無創， 不需麻醉， 無痛苦。 最大的優勢是可以清除潛伏感染病灶及HPV亞臨床感染， 顯著減低復發率。 尤其適用于尿道， 宮頸內及肛周周圍等特殊部位的治療。 同時， 特別適用于易復發的濕疣及其他方法無效的尖銳濕疣。
