新生兒腹瀉的原因可分為腸道內感染、腸道外感染和非感染性腹瀉三大類。 腸道內感染主要發生在人工餵養或混合餵養的新生兒， 由於奶具不潔而導致病從口入。 最嚴重的要算新生兒流行性腹瀉了， 它常常發生在醫院裡的新生兒室， 病菌經過母親產道時傳給新生兒， 然後由醫護人員的手將細菌擴散開去。 此病潛伏期短， 症狀重， 開始時厭食、吐奶、腹脹， 繼之腹瀉呈黃綠色水樣大便， 有擊拍聲， 腥氣奇臭， 一天大便次數可達10次左右， 很快出現脫水症狀。 其他像鼠傷寒沙門氏菌、輪狀病毒、腺病毒等，
腸道外感染主要是由於病原體毒素的影響或神經系統發育不健全， 致使消化系統功能紊亂、腸蠕動增加而引起腹瀉。 這種腹瀉一般無粘凍、膿血和奇臭， 次數較少。 在新生兒患肺炎和敗血症時， 細菌有時也可從腸道外或血液中透過腸壁， 滲入到腸道內， 引起腸炎。
非感染性腹瀉， 多數因餵養不當引起的吸收不良， 大便次數增加， 有不消化奶塊或呈蛋花湯樣糞便。 一般也無粘液或奇臭， 這類腹瀉去除病因即可自愈。 前二類腹瀉應去醫院治療。 在未送醫院前， 可先少量多次補充煮沸過的糖鹽水防止脫水。
