灰指甲是由致病真菌感染甲板引起甲的變色、變形、增厚、表面失去光澤等病變， 在使用外用抗真菌藥膏治療時， 如果不先進行專業的修甲， 將甲泡軟削薄， 藥膏很難滲入病灶， 難以徹底殺死深層致病真菌。 如果使用口服抗真菌藥物治療灰指甲， 則不受指甲狀態的限制， 口服抗真菌藥物可以通過血液進入甲床， 直接對深層真菌發生抗菌作用。
抗真菌藥物副作用較大， 長期服用可能導致嚴重的肝、腎功能損害。 專家建議如果青壯年患有單純手部的灰指甲或足部輕中度的灰指甲， 可以應用抗真菌藥物大劑量短期衝擊治療。
短期衝擊療法可使用特比萘芬每日0.25克， 連續服用4~9周， 或伊曲康唑0.4克， 每月連用七天， 共2個衝擊療程的短期方案。 對於足部中重度患者， 可將特比萘芬療程延長至9~12周， 伊曲康唑衝擊療程增加到3~4個。 這兩種藥物均有很好的延續療效， 停藥後3~9個月仍能在人體發揮一定抑制真菌的作用。 因此， 在療程結束後仍未長出新甲並不意味著治療失敗， 需要耐心等待， 繼續觀察數月。 氟康唑治療灰指甲可每週服用一次， 每次口服0.15克， 連續12~18周。
