川崎病又容易引發各種併發症。 心臟和冠狀動脈受累多發生在起病的1—6周， 可伴有心臟炎、心律失常和冠狀動脈炎等。 川崎病併發心肌梗塞者約占1%—2%， 多於病程一年內（尤其病程3—4周內）發生。 臨床可能出現煩躁， 腹痛和嘔吐等消化道症狀。 因此， 專家建議， 對於小孩發燒， 家長不可放鬆警惕， 以為只是一般的感冒， 自己隨便給孩子吃些藥就會好。
大部分可以治癒， 只要做到早期診斷、規範治療和長期隨訪， 提高孩子自身的免疫能力， 大部分川崎病患兒還是可以完全治癒的。 同時， 應定期複查心電圖、超聲心動圖；在發病後3—5年內隨訪，
川崎病應與各種出疹性傳染病、病毒感染、急性淋巴結炎、類風濕病以及其它結締組織病、病毒性心肌炎、風濕炎心臟炎互相鑒別。
本症與猩紅熱不同之點為：①皮疹在發病後第3天才開始；②皮疹形態接近麻疹和多形紅斑；③好發年齡是嬰幼兒及較小兒童時期；④青黴素無療效。
本症與幼年類風濕病不同之處為：①發熱期較短， 皮疹較短暫；②手足硬腫， 顯示常蹠潮紅；③類風濕因數陰性。
與滲出性多形紅斑不同之點為：①眼、唇、無膿性分泌物及假膜形成；②皮疹不包括水皰和結痂。
與典型結節性動脈周圍炎（Kussmaul-Maier型）的症狀有很多相似之處， 但MCLS的發病率較多，
與系統性紅斑狼瘡不同之處為：①皮疹在面部不顯著；②白細胞總數及血小板一般升高；③抗核抗體陰性。 ④好發年齡是嬰幼兒及男孩多見。
與嬰兒型結節性多動脈類 與出疹性病毒感染的不同點為：①唇潮紅、乾裂、出血， 呈楊梅舌；②手足硬腫， 常蹠潮紅及後期出現指趾端膜狀脫皮；③眼結膜無水腫或分泌物；④白細胞總數及粒細胞百分數均增高， 伴核左移；⑥血沉及C反應蛋白均顯著增高。
與急性淋巴結炎不同之點為：①頸淋巴結腫大及壓痛較輕， 局部皮膚及皮下組織無紅腫；②無化膿病灶。
與病毒性心肌炎不同之處為：①冠狀動脈病變突出；②特徵性手足改變；③高熱持續不退。
與風濕性心臟炎不同之處為：①冠狀動脈病變突出；②無有意義的心臟雜音；③發病年齡以嬰幼兒為主。
