環磷醯胺是治療系統性紅斑狼瘡一種常用藥物， 主要用於有重要臟器受累患者， 但可產生胃腸道反應、骨髓抑制、性腺抑制、嚴重感染等不良反應， 一定程度上限制了使用。
1、胃腸道反應：環磷醯胺引起的胃腸道反應中， 噁心和嘔吐最為常見， 尤其是口服法或1次劑量超過1g/m2的衝擊法更易引起。
2、骨髓抑制： 環磷醯胺可造成患者出現白細胞、粒細胞、紅細胞缺乏等骨髓抑制反應， 骨髓抑制的程度與用藥劑量及治療週期有關。 靜脈使用環磷醯胺多為白細胞或粒細胞的一過性下降， 嚴重者可發生白細胞明顯減少和粒細胞缺乏。
3、性腺抑制：環磷醯胺可產生月經不調、閉經、卵巢功能早衰（40歲前絕經）及不育等性腺抑制反應， 具有累積性和不可逆性， 其毒性與患者的年齡和藥物的累積劑量呈線性相關,患者年齡越小,藥物累積劑量越少,毒性損害作用就相對越小。
4、嚴重感染：應用環磷醯胺還可發生呼吸道、消化道及泌尿生殖系統嚴重感染，
病原體包括細菌、病毒、黴菌及原蟲等。
其中，
皮膚帶狀皰疹是環磷醯胺短期衝擊治療的主要不良反應，
其發病被認為與環磷醯胺的應用高度相關。
