治療灰指甲一般選用外用藥物， 根據藥劑不同， 主要有浸泡、局部塗藥和封包削治等方法。 治療時需配合去除病甲， 外用藥物方便安全， 無痛苦、無副作用效果理想。
1、土茯苓、苦參、白蘚皮、僵蠶、全蟲、蜈蚣、白花蛇等中草藥， 採用大劑量、大濃度， 每次洗、泡二十分鐘以上。 採取手足整個甲板浸泡的方法進行治療， 以達到藥物強力滲透至甲板深部及皮膚角質層， 徹底殺滅寄生在甲板角質內以及周圍皮膚角質層內所有的真菌， 使灰指甲得到整體治療而根治， 杜絕復發的產生。 病甲全部剪掉， 如長出新指甲應持續鞏固用藥。
2、取20瓣大蒜， 除去外皮， 切碎或搗爛， 放入帶塞廣口玻璃瓶中。 加入食用醋150毫升浸泡一天， 即可使用。 將病指甲浸入溫水5分鐘， 把指甲泡軟， 用剪刀剪去或刮去可以除去的病指甲， 將剪掉的病指甲插入大蒜浸液15分鐘。 每日3次， 一周即可見效。 如未痊癒， 可按上法再治一個療程。 也可以用藥棉蘸大蒜浸液敷在病指甲上。 如果腳趾甲患有灰指甲， 用此法同樣有效。 大蒜浸液可長期保存， 反復使用， 用此法治腳癬也有效果。
3、還可用10%的碘酒、6%的水楊酸、30%的冰醋酸、8%的環吡酮胺軟膏、5%的阿莫羅芬甲外塗， 可選用上述五種塗液中的任何一種， 每日塗病甲1～2次， 用藥前應先把病甲刮薄。 可堅持塗藥至新甲長出， 一般需治療3～6個月。 塗藥時應避免將藥液塗到甲周皮膚上，
