感染部位表淺、單個甲感染面積小於30％以及無甲母質受累較輕感染的灰指甲， 可單獨應用外用抗真菌藥物治療。 由於甲的特殊結構， 使得大多數藥物難於滲透入甲板， 無法發揮其抑菌或殺菌活性， 因此需長期用藥。 外用抗真菌藥物更多的是作為灰指甲系統治療的輔助用藥。
外用藥物主要有外用抗真菌製劑、防腐劑、消毒劑、角質剝脫劑和具有抗菌作用的染料等。 單獨用於灰指甲的外用藥物有8%環吡酮甲塗劑、5%阿莫羅芬甲塗劑和28%噻康唑溶液。 另外， 1％硝酸眯康唑溶液、1%硝酸益康唑溶液和聯苯苄唑甲藥盒在治療上也有一定效果。
外科拔甲復發率高且容易損傷甲母質， 目前已不單獨應用。 化學拔甲是指在甲上外用角質剝脫性藥物剝除甲板的過程弍臨床常用的角質剝脫劑是尿素軟膏， 濃度從20％-40％， 採用封包， 一般濃度越高， 剝脫效果越好；同時應用含有水楊酸的軟膏可增強甲板剝脫作用。 此法對於甲床部位和甲母質的真菌感染治療效果不佳， 為提高療效需將抗真菌藥物與尿素軟膏混合。 目前有1％聯苯苄唑和40%尿素軟膏混合製劑、2%布替萘芬和20%尿素軟膏混合製劑和2%托萘酯和20%尿素軟膏混合製劑。
