復發性口腔潰瘍首先與免疫有著很密切的關係。 有的患者表現為免疫缺陷， 有的患者則表現為自身免疫反應， 也就是由於各種因素， 使人體正常的免疫系統， 對自身組織抗原， 產生免疫反映， 而引起組織的破壞而發病。 其次是與遺傳有關係。
另外， 復發性口腔潰瘍的發作， 常常還與一些疾病或症狀有關， 比如消化系統疾病胃潰瘍， 十二指腸潰瘍， 慢性或遷延性肝炎， 結腸炎等， 另外貧血， 偏食， 消化不良， 腹瀉， 發熱， 睡眠不足， 過度疲勞， 精神緊張， 工作壓力大、月經週期的改變等等。 隨著一種或多種因素的活躍、交替、重疊就出現機體免疫力下降，
口腔潰瘍的常見病因主要有以下幾方面：
1、內分泌變化：有些女性患者往往在月經期發生， 可能與體內雌激素量下降有關。
2、精神因素：有的患者在精神緊張、情緒波動、睡眠狀況不佳的情況下發病， 可能與植物神經功能失調有關。
3、消化系統疾病及功能紊亂：如腹脹、腹瀉或便秘等情況。
4、遺傳因素也是導致口腔潰瘍的原因之一。 如父母雙方均患有復發性口腔潰瘍時， 其子女約有80— 90%患病， 若雙親之一患此病時， 其子女約有50—60%患病。
5、其他因素：如缺乏微量元素鋅、鐵、葉酸、維生素B12等， 可降低免疫功能， 增加復發性口腔潰瘍發病的可能性。
