嬰幼兒消化系統發育不良， 各種消化酶的分泌較少， 活力較低， 對食物的耐受力差不能適應食物質、量的較大變化， 因生長發育快， 所需營養物質相對較多， 消化道負擔較重， 經常處於緊張狀態， 易於發生消化功能紊亂。 胃內酸度比成人低， 抗菌能力差， 血液中免疫球蛋白和胃腸道SIgA均較低， 易患腸道感染。
小兒腹瀉可由非感染和感染性原因引起。
(1)非感染性原因有：生理性腹瀉， 母乳的營養成分超過小兒的生理需要量和消化功能的限度時， 便會使小兒發生腹瀉；餵食不當可引起腹瀉， 多為人工餵養兒，
(2)感染性原因：分為腸道內感染和腸道外感染。
腸道內感染可由病毒、細菌、真菌及寄生蟲引起， 以前兩者多見， 尤其是病毒。
病毒感染為：
①人類輪狀病毒：是嬰幼兒秋冬季腹瀉的最常見病原；
②諾沃克病毒：多侵犯兒童及成人， 與嬰幼兒腹瀉的關係不密切。
細菌感染：
主要為大腸桿菌和痢疾桿菌引起的感染。
病原微生物隨污染的飲食或水進入消化道， 也可通過污染的日用品、手、玩具或帶菌者傳播。
另外， 患中耳炎、上呼吸道感染、肺炎、泌尿系感染、皮膚感染等或急性傳染病時， 由於發熱及病原體的毒素作用使消化道功能紊亂， 可伴有腹瀉。 有時， 腸道外感染的病原體可同時感染腸道(主要是病毒)。
