我們知道， 口服避孕藥本身就是激素類藥物， 能抑制腦垂體激素分泌， 卵巢便不再排卵， 女性也就不會懷孕。 同理， 沒有了卵泡發育、排卵的過程， 上面提到的那些功能性卵巢囊腫也就不會發生， 所以， 口服避孕藥本身就是預防這些囊腫的方法。 而對於已出現的功能性卵巢囊腫， 服用避孕藥後， 卵巢處於“消停”狀態， 囊腫也會消退得更快。
當然， 這些囊腫一般不需要專門去治療， 只有超過三個月還不消退（三個月後最好作B超複查）， 或者引起腹痛、月經改變者， 醫生才會建議口服三個月避孕藥幫忙。 而對於不能確定性質的囊腫，
卵巢巧克力囊腫一般需要手術治療， 但由於激素原因仍在， 術後常易復發， 一般都需要口服避孕藥中的高效孕激素， 以抑制異位內膜的生長， 促使異位內膜萎縮， 這樣既預防或延緩囊腫復發， 也減輕疼痛。
而對於多囊卵巢， 口服避孕藥本身就是最主要的治療方法。
但口服避孕藥對多種卵巢囊腫有益， 卻不建議發現囊腫的女性隨便服用。 一方面， 普通體檢只能告知“卵巢囊腫”， 其真正性質卻需要婦科B超等專科檢查才能鑒別;另一方面， 激素調節極其複雜， 並非“口服避孕藥”一句話了事， 劑量和期限都需嚴格調控。 口服緊急避孕藥， 不僅起不到保護作用， 多次使用反而可能促使卵巢囊腫的發生。
育齡期婦女服用口服避孕藥三個月， 卵巢囊腫仍增大或持續存在， 應繼續就診， 再次排除惡性腫瘤的可能。 若卵巢囊腫直徑已超過5釐米， 或囊腫持續3個月仍存在， 則應考慮手術治療。
