胸腺切除術是治療重症肌無力的主要方法之一， 當用藥治療的療效欠佳伴胸腺腫大和危象發作的病人， 可考慮胸腺切除術。 但採取兇險切除術者， 以病程較短（5年以內）、青年（35歲以下）、女性病人的療效較佳， 完全緩解常在術後2～3年， 大約80%的患者手術治療後， 可獲得完全緩解或進步。
目前， 胸腺切除手術指征幾乎擴大到所有適合手術的患者。 對久治無效的眼型、全身型獲得性自身免疫性重症肌無力成年病人應首選此治療。 現在一般主張凡全身型重症肌無力、無手術禁忌證的重症肌無力病人， 甚至多方治療、久治無效的眼型重症肌無力病人，
但需要注意的是， 胸腺瘤是手術治療的絕對適應症， 對伴有胸腺瘤者， 為防惡變， 應儘早手術。 單純眼肌型重症肌無力對藥物有反應者， 可不考慮手術， 年齡較大且病程超過5年以上者， 手術效果較差。 胸腺切除術只要在良好設備的條件下進行， 一般危險性極小， 作用機制尚不清楚。
對不宜手術的年老體弱或惡性胸腺瘤患者， 也可以進行深度X線， 兆伏級X線或鈷60作放射源行胸腺放射治療， 有效率約70%左右， 病程越短（3年以內）， 年齡越輕（40歲以下）， 療效越好， 對兒童應從嚴掌握。
