1.腸結核 腸結核多繼發於開放性肺結核;病變主要涉及回盲部, 有時累及鄰近結腸, 但不呈節段性分佈;瘺管及肛門直腸周圍病變少見;結核菌素試驗陽性等有助於與克羅恩病鑒別。 對鑒別有困難者, 建議先行診斷性抗結核治療。 有手術適應證者可行手術探查, 病變腸段與腸系膜淋巴結病理組織學檢查發現乾酪壞死性肉芽腫可獲確診。
2.小腸惡性淋巴瘤 原發性小腸惡性淋巴瘤可較長時間內局限在小腸, 部分患者腫瘤可呈多灶性分佈, 此時與克羅恩病鑒別有一定困難。 如X線檢查見小腸結腸同時受累、節段性分佈、裂隙狀潰瘍、卵石征、瘺管形成等有利於克羅恩病診斷。
3.急性闌尾炎 腹瀉少見, 常有轉移性右下腹痛, 壓痛限於麥氏點, 血象白細胞計數增高更為顯著, 可資鑒別, 但有時需剖腹探查才能明確診斷。
4.其他 如血吸蟲病、慢性細菌性痢疾、阿米巴腸炎、其他感染性腸炎、出血壞死性腸炎、缺血性腸炎、放射性腸炎、膠原性結腸炎、白塞病、大腸癌以及各種原因引起的腸梗阻, 在鑒別診斷中亦需考慮。