克羅恩病的治療原則及藥物應用與潰瘍性結腸炎相似， 但具體實施有所不同。 氨基水
楊酸類藥物應視病變部位選擇， 對克羅恩病的療效遜於對潰瘍性結腸炎。 對糖皮質激素無效或依賴的患者在克羅恩病中多見， 因此免疫抑制劑、抗生素和生物製劑在克羅恩病使用較為普遍。 相當部分克羅恩病患者在疾病過程中最終因併發症而需手術治療， 但術後復發率高， 至今尚無預防術後復發的有效措施。 克羅恩病的治療簡述如下：
一般治療
必須戒煙。 強調營養支援， 一般給高營養低渣飲食， 適當給予葉酸、維生素B1等多種維生素。
藥物治療
1.活動期治療
氨基水楊酸製劑：柳氮磺吡啶僅適用於病變局限在結腸的輕、中度患者。 美沙拉嗪能在回腸末段、結腸定位釋放， 適用於輕度回結腸型及輕、中度結腸型患者。
糖皮質激素：對控制病情活動有較好療效， 適用於各型中～重度患者， 以及上述對氨基水楊酸製劑無效的輕～中度患者。 應注意， 有相當部分患者表現為激素無效或依賴， 對這類患者應考慮加用免疫抑制劑。 布地奈德全身不良反應較少， 療效則略遜於系統作用糖皮質激素，
免疫抑制劑：硫唑嘌呤或巰嘌呤適用於對激素治療無效或對激素依賴的患者， 加用這類藥物後可逐漸減少激素用量乃至停用。 劑量為硫唑嘌呤1.5～2.5mg/或巰嘌呤0.75～1.5mg/， 該類藥顯效時間約需3～6個月， 維持用藥可至3年或以上。 現在認為上述劑量硫唑嘌呤或巰嘌呤的安全性是可以接受的， 嚴重不良反應主要是白細胞減少等骨髓抑制表現， 應用時應嚴密監測。 對硫唑嘌呤或巰嘌呤不耐受者可試換用甲氨蝶呤。
抗菌藥物：某些抗菌藥物如硝基咪唑類、喹諾酮類藥物應用於本病有一定療效。 甲硝唑對肛周病變、環丙沙星對瘺有效。 上述藥物長期應用不良反應多，
生物製劑：英夫利昔是一種抗TNF_a的人鼠嵌合體單克隆抗體， 為促炎性細胞因數的拮抗劑， 臨床試驗證明對傳統治療無效的活動性克羅恩病有效， 重複治療可取得長期緩解， 近年已逐步在臨床推廣使用。 其他一些新的生物製劑也已上市或在臨床研究之中。
2.緩解期治療用氨基水楊酸製劑或糖皮質激素取得緩解者， 可用氨基水楊酸製劑維持緩解， 劑量與誘導緩解的劑量相同。 因糖皮質激素無效/依賴而加用硫唑嘌呤或巰嘌呤取得緩解者， 繼續以相同劑量硫唑嘌呤或巰嘌呤維持緩解。 使用英夫利昔取得緩解者推薦繼續定期使用以維持緩解。
手術治療
因手術後復發率高， 故手術適應證主要是針對併發症， 包括完全性腸梗阻、瘺管與腹腔膿腫、急性穿孔或不能控制的大量出血。 應注意， 對腸梗阻要區分炎症活動引起的功能性痙攣與纖維狹窄引起的機械梗阻， 前者經禁食、積極內科治療多可緩解而不需手術;對沒有合併膿腫形成的瘺管， 積極內科保守治療有時亦可閉合， 合併膿腫形成或內科治療失敗的瘺管才是手術指征。 手術方式主要是病變腸段切除。 術後復發的預防至今仍是難題。 一般選用美沙拉嗪;甲硝唑可能有效， 但長期使用不良反應多;硫唑嘌呤或巰嘌呤在易於復發的高危患者可考慮使用。 預防用藥推薦在術後2周開始，
