研究發現， 口腔潰瘍的發作是由於口腔黏膜存在異常造成的。 一般口腔黏膜組織在正常的狀態下， 可以調節口腔的酸堿平衡環境， 促進傷口癒合， 加快食物在口腔的分解和吸收， 而且還可以殺死口腔中致病性的細菌。 口腔出現小的傷口時， 在口腔黏膜正常情況下， 傷口一般12小時可以自愈。
倘若口腔黏膜出現異常狀況， 此時口腔的牙齦或舌體毛細血管都處在充血的狀態， 一旦受到外力的機械破壞， 致病性的細菌就會入侵傷口， 不斷擴散， 口腔黏膜卻因為局部營養缺乏導致對其失去抵抗力，
一般來說， 口腔潰瘍的反復發作無外乎三大誘因———容易上火體質、體內缺乏某些元素以及精神壓力過大。
上火體質是引起該病的首要因素。 口腔潰瘍在中醫看來主要是由“上火”所引起， 火分好多種類型， 有“心火旺盛”、“脾胃積熱”、“陰虛火旺”、“脾胃虛火”及“肝火犯胃”等。 “上火”表現範圍比較廣， 症狀也表現不一。 兒
童易發“肺火”， 青年人多是“肝火”， 中年人多是“胃火”， 老年人易發“虛火”。
其次， 體內缺乏某些元素。 人體內缺乏微量元素鋅、鐵、葉酸、維生素B12等， 可能會降低免疫功能， 從而增加復發性口腔潰瘍發病的可能性。 最新研究發現， 反復的口腔潰瘍， 一定程度上， 還與精神壓力和荷爾蒙的刺激有關係。
