艾灸的作用廣泛， 現代研究認為， 艾燃燒生成物的甲醇提取物， 有清除自由基作用， 並且比未燃燒的艾的甲醇提取物作用更強。 施灸局部皮膚中過氧化脂質顯著減少， 此作用是艾的燃燒生成物所致。 艾的燃燒不僅沒有破壞其有效藥物成分， 反而使之有所增強。 艾燃燒生成物中的抗氧化物質， 附著在穴位處皮膚上， 通過灸熱滲透進入體內而起作用的。
由於每人的個體差異有所不同， 有的艾灸後感覺很好， 基本沒有什麼反應和副作用， 而有的則反應明顯， 且不斷有各種反應出現。
1、艾灸後常常會有疾病加重的反應， 這是正邪交戰的正常現象， 那麼病邪在體內寄居很久， 他也不會輕而易舉的乖乖就範。 所以這時候就免不了有反應， 你用艾灸的方式激發正氣想把邪氣趕出， 那麼邪氣就先頑強抵抗。 這時的正氣不足， 而邪氣旺盛的時候， 當然你會有各種不適反應出來。
2、失眠：艾灸後常常會有失眠的症狀， 如果出現初次艾灸後失眠， 也是一種反應， 此時的失眠， 多很疲乏無力， 或嗜睡。 但經過一段時間的艾灸後， 這時如果睡眠很少， 但不會出現疲乏無力的現象， 反而因為艾灸， 而顯得精力充沛。 此時， 不要因為睡眠時間的不足而煩惱， 也不要刻意用安眠藥來湊夠睡眠的時間， 主要看你自己的精力是否充足， 灸中脘還會很快改善脾的功能。
3、艾灸的走竄現象， 有時候我們艾灸中脘， 會有肝區不適， 或會有胃脘部不適， 這很有可能你的肝有隱患或你的胃有疾病， 艾灸就會主動幫助你去調整， 這就是艾灸的通竄功能。 所以說， 我們的身體有一個自我調整的功能， 只要你調動的好， 這些都會起來工作。 假如你艾灸關元穴， 也許會反應出你婦科方面的隱患或前列腺方面的問題或生殖系統的一些疾患。 人體“陰陽”的升降是有其固定的規律的，