森林腦炎的潛伏期一般為10～15天， 也有長達1個月者。 普通型患者急起發病， 1～2日內達高峰， 並出現不同程度的意識障礙、頸和肢體癱瘓和腦膜刺激症。 輕型患者起病多緩慢， 有發熱、頭痛、全身酸痛、耳鳴、食欲不振等前驅症狀， 經3～4天后出現神經系統症狀。 重型患者起病急驟， 突發高熱或過高熱， 並有頭痛、噁心、嘔吐、感覺過敏、意識障礙等， 迅速出現腦膜刺激症， 數小時內進入昏迷、抽搐、延髓麻痹而死亡。
發熱一般在38℃以上， 大多數持續5～10天， 以稽留熱為最常見， 也有呈雙峰熱或弛張熱者。 偶有出血性皮疹， 部分病例出現心肌炎症狀。
神經系統症狀以意識障礙、腦膜刺激征和癱瘓為主。 半數以上病例有不同程度的意識障礙， 由嗜睡、譫妄、昏睡， 以至深度昏迷狀態。 亦有表現為狂躁不安、驚厥和神經錯亂等。 意識障礙隨體溫下降而逐漸恢復。
腦膜刺激征是本病最早出現和最常見的症狀和體征， 開始為劇烈頭痛， 部位不定， 其次為噁心、嘔吐。 腦膜刺激征一般可持續5～10天， 意識清楚後仍可存在。
癱瘓以發生於頸部、肩胛肌和上肢肌肉為主， 其次為偏癱和下肢癱瘓， 顱神經癱瘓不多見。 本病的癱瘓和乙腦不同， 呈弛緩型， 常發生於第2～5病日， 發生在頸部或肩胛肌時出現本病特有的頭部下垂症狀。 癱瘓一般經2～3周後逐漸恢復， 約半數出現肌肉萎縮。 病理性反射常見，
本病病程長短不一， 一般約1周左右， 體溫恢復正常後症狀逐漸消失， 但癱瘓仍可繼續存在。
