根據古今醫家長期實踐， 一般認為本病的發生與沖任、胞宮的週期性生理變化密切相關。 主要病機在於邪氣內伏或精血素虧， 更值經期前後沖任二脈氣血的生理變化急驟， 導致胞宮的氣血運行不暢， “不通則痛”；或胞宮失於濡養， “不榮則痛”， 放使疼痛發作。 或因臟腑不和， 氣機阻滯， 瘀血內停， 氣聚為瘕， 血結為癥。 常見的病因有腎氣虧損、氣血虛若氣滯血瘀、寒凝血癌、濕熱蘊結和濕瘀互阻等。
1．腎氣虧損 先天腎氣不足， 或房勞多產， 或久病虛損， 傷及腎氣， 腎虛則精虧血少沖任不足， 經行血瀉， 腦脈愈虛， 失於濡養，
2．氣血虛弱。 素體虛弱， 氣血不足， 或大病久病， 耗傷氣血， 或脾胃虛弱， 化源不足氣虛血少， 經行血瀉， 沖任氣血更虛， 胞脈失於懦養， “不榮則痛”， 故痛經。 損傷脾氣， 中氣不足， 沖任不固， 血失統攝， 以致經行量多。 憂思傷脾， 氣虛而血滯， 使瘀血留滯， 瘀血內停， 漸積成癥。
3．氣滯血癌 素性抑鬱， 或忿怒傷府， 肝鬱氣滯， 氣滯血瘀；經期產後， 餘血內露， 蓄而成瘀， 瘀滯沖任， 血行不暢， 經前經時氣血下注沖任， 胞脈氣血更加壅滯， “不通則痛”故痛經。 七情過極， 鬱而化熱， 熱擾沖任， 迫血旺行， 以致經量增多。 情志不暢， 肝氣鬱結．疏泄失常， 血氣不和， 沖任不能相資， 以致不能攝精成孕。 暴怒傷肝，
4．寒凝血癌 經期產後， 感受寒邪， 或過食寒涼生冷， 寒客沖任， 與血搏結， 以致氣置凝滯不暢， 經前經時氣血下注沖任， 胞脈氣血更加壅滯， “不通則痛”， 放痛經。 經期產後餘血未淨之際， 涉水感寒， 或不禁房事， 瘀阻胞脈， 以致不能攝精成孕。 經期產後， 胞脈空虛， 加之房事不潔， 或外邪侵襲， 凝滯氣血， 積而成癥。
5．濕熱蘊結”素有濕熱內蘊， 或經期產後， 感受濕熱之邪， 與血搏結， 稽留于沖任、胞宮， 以致氣血凝滯不暢， 經行之際， 氣血下注沖任， 胞脈氣血更加壅滯， “不通則痛”， 故痛經。 素體陽盛， 或您食辛辣， 感受熱邪， 七情過極， 鬱而化熱， 熱擾沖任， 迫血旺行， 以致經量增多。
近年來， 中醫學者普遍認為血瘀是子宮內膜異位症的基本病因病理， 認為大部分子官內膜異位症患者病程都較長， 瘀血積聚， 久必化熱， 提出“痹熱”是子宮內膜異位症的主要發病機制。 也有學者認為本病見於虛實夾雜， 本虛標實之證。
