小兒癲癇的病因上可將癲癇分作兩大類：一類是沒有明確病因的癲癇， 這一類癲癇占癲癇患者總數20%， 大多與遺傳有關， 因此也稱作隱源性癲癇或遺傳性癲癇。 另一類是可查出明確病因的癲癇。
雖然小兒癲癇的病因十分複雜， 但隨著醫學科技的快速發展， 大部分病因已被人們明確認識， 最常見的病因包括以下這些。
1、遺傳代謝病， 如苯丙酮尿症， 高氨血症， 腦脂質沉積症， 維生素b6依賴症等。
2、營養代謝障礙及內分泌疾病， 常見有的低血糖、低血鈣、低血鎂、維生素b6缺乏， 甲狀腺功能低下。
3、腦血管病：如腦血管畸形、顱內出血、腦血管炎、腦梗塞等。
4、神經皮膚綜合症：最常見的有結節性硬化， 神經纖維瘤病和腦三叉血管瘤病等。
5、圍產期腦損傷， 主要是產傷、窒息、顱內出血、缺氧、缺血性腦病， 中其以缺氧缺血性腦病而致癲癇者最常見。
6、顱內感染：如細菌性腦膜炎、病毒性腦炎、腦膿腫、黴菌性腦膜炎、腦寄生蟲病、接種後腦炎、傳染後腦炎等。
7、外傷：由外傷而致的顱內出血、顱骨骨折、腦挫裂傷等均可引起癲癇， 但發病率與損傷程度及部位有關。
8、先天腦發育畸形， 如無腦回畸形， 巨腦回畸形， 多小腦回畸形， 灰質異位症， 腦穿通畸形， 先天性腦積水， 肼胝體發育不全， 蛛網膜囊腫， 頭小畸形， 巨腦症等。
9、圍產期腦損傷， 主要是產傷、窒息、顱內出血、缺氧、缺血性腦病，
10、顱內感染：如細菌性腦膜炎、病毒性腦炎、腦膿腫、黴菌性腦膜炎、腦寄生蟲病、接種後腦炎、傳染後腦炎等。
11、高熱驚厥後腦損傷也導致癲癇。
